Paranaguá foi inicialmente habitada pelos indígenas carijós, da família tupi-guarani, chamados de caahijó, expressão que significa “filho da mata” e que lhes foi atribuída pelos Jesuítas. Posteriormente, a região passou a ser ocupada por portugueses e brasileiros.

O território do litoral paranaense foi descoberto por Martim Afonso de Sousa. Por ordem de Dom João III, Rei de Portugal, Martim Afonso de Sousa partiu do Tejo em 03 de dezembro de 1530, com uma esquadra composta por seis naus e aproximadamente quatrocentas pessoas. Após passar pela Guanabara e por São Vicente (SP), onde fundou a vila, chegou a Paranaguá por volta de 1532.

Em 02 de novembro de 1540, o Rei da Espanha nomeou Álvaro Nuñes Cabeza de Vaca Governador das possessões espanholas do sul da América. Com duas naus e quatrocentos homens, partiu rumo ao sul, apoderando-se dos territórios descobertos por Martim Afonso de Sousa, chegando também a Paranaguá.

A unificação das Coroas de Portugal e Espanha, entre 1580 e 1640, bem como a invasão dos holandeses, desviaram a atenção das duas Coroas quanto à definição dos limites territoriais. A esse contexto somou-se a atuação dos bandeirantes, cuja bravura assegurou ao Brasil territórios anteriormente conquistados pelos espanhóis, sem que houvesse ameaças significativas à sua posse.

A partir de 1550, Paranaguá passou a ser procurada por mineradores interessados na exploração de metais preciosos. O nome “Pernagoá” significa “mar grande e redondo”.

A primeira habitação de brancos na região ocorreu na Ilha de Cotinga, entre 1550 e 1560. O nome Cotinga deriva de coo, que significa roça, lugar ou povoação, e ingá, que significa branca ou de branco. Os indígenas que ali habitavam eram os carijós, descritos como bastante ferozes, tendo dizimado muitos portugueses que se aproximaram da região. Por outro lado, também os brancos trucidaram muitos indígenas.

Em 1550, chegou a Paranaguá o Pe. Leonardo Nunes, jesuíta vindo de São Vicente. Era conhecido como Abarebebé, ou “Padre Voador”, em razão da ligeireza com que se deslocava. Conseguiu converter à fé cristã o caçador de índios Pedro Correia, que posteriormente ingressou na Companhia de Jesus.

Outros Jesuítas deram continuidade à evangelização de Paranaguá. O escolástico Pedro Correia e seu companheiro, o Irmão João de Souza, morreram mártires em 1556, na Serra do Mar.

A primeira capela de Paranaguá surgiu em 1578, sendo considerada o primeiro local de culto católico no Paraná português.

Foram os Jesuítas de Cananeia que solicitaram ao primeiro Prelado do Rio de Janeiro, Pe. Bartolomeo Simões Pereira, autorização para a construção da primeira igreja dedicada a Nossa Senhora do Rosário no Brasil, após a instituição de sua festa em 07 de outubro de 1571, em ação de graças pela vitória cristã na Batalha de Lepanto contra os muçulmanos.

Por insistência de Gabriel de Lara, o Governador do Rio de Janeiro, Duarte, em nome do Rei Dom João IV, autorizou o levantamento do Pelourinho em Paranaguá em 06 de janeiro de 1646.

Pela Carta Régia de 29 de julho de 1648, foi criado o município de Paranaguá, o primeiro do Estado do Paraná.

Paranaguá cresceu rapidamente e, em 1660, foi criada a Capitania de Paranaguá, sendo nomeado como alcaide-mor e capitão-mor Gabriel de Lara. Em 1710, a Capitania foi extinta e anexada à Capitania de São Paulo.

Em 21 de agosto de 1724, foi criada a Ouvidoria de Paranaguá, abrangendo vasto território que incluía o sul de Iguape e Cananeia (SP), São Francisco, Desterro (Florianópolis), Laguna (SC), Nossa Senhora da Luz de Pinhais e até a atual República do Uruguai.

Em 20 de novembro de 1749, ocorreu a desagregação desse imenso território, com a criação das Ouvidorias de Santa Catarina e do Rio Grande do Sul. Posteriormente, a Ouvidoria de Paranaguá foi transferida para Curitiba. Em 29 de novembro de 1832, as Ouvidorias foram definitivamente extintas.

Em 13 de fevereiro de 1854, iniciou suas atividades a Capitania dos Portos de Paranaguá.

Em 05 de julho de 1880, o Imperador Dom Pedro II, acompanhado da Imperatriz Dona Teresa Cristina, participou da cerimônia de lançamento da Pedra Fundamental da Estrada de Ferro Paranaguá–Curitiba, inaugurada em 02 de fevereiro de 1885.

A Paróquia de Nossa Senhora do Rosário de Paranaguá foi criada em 05 de abril de 1655 pelo Prelado do Rio de Janeiro, Pe. Antônio de Mariz Loureiro, sendo a primeira paróquia do Paraná e a mais meridional do Brasil.

O primeiro jesuíta a atuar no Paraná foi o Pe. Leonardo Nunes, em 1550, falecido em um naufrágio em 30 de junho de 1554, quando se dirigia a Roma. Posteriormente vieram o escolástico Pedro Correia e o Irmão João de Souza, martirizados em 1556.

Em 1690, a Câmara de Paranaguá solicitou ao Provincial dos Jesuítas o envio de seis padres para a fundação de um colégio. O pedido foi atendido em 1699, e os Jesuítas chegaram a Paranaguá em 1704.

Em 1709, iniciou-se a construção do Colégio. A autorização oficial foi concedida em 25 de setembro de 1738, e o Colégio foi inaugurado em 19 de março de 1755.

Pela Carta Régia de 04 de julho de 1759, os Jesuítas foram expulsos do Brasil, sendo obrigados a deixar Paranaguá em 15 de fevereiro de 1760.

A evangelização do litoral permaneceu prejudicada até 1920, quando chegaram os Padres Oblatos de São José. Em 1945, a Paróquia foi confiada aos Missionários Redentoristas.

Em 22 de agosto de 1957, o Cônego João Raymundo Penteado de Faria Camargo solicitou a criação da Diocese de Paranaguá, criada em 21 de julho de 1962.